RESEARCH EXPLORER · V7.1
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直接用浏览器打开分享链接即可。Kymographs用于并排比较,文献库用于筛选论文,试验计划用于查看候选分析。论文原图及来源链接从原网站加载。
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7篇统一重绘
实验沿用OrRd橙红:低值浅、高值深;模拟保留Blues,尚未接入实际模拟数组。色标由下至上递增。每个完整样本独立归一化到0–1,不能比较跨论文绝对浓度;灰色表示没有有效数据。
数值与直接提取:Chhabra(27°C处理后矩阵)、Lauschke和Sonnen(灰度视频ROI)、Rohde(28.5°C细胞强度轨迹分箱)、Yaman(作者示例矩阵)。Yaman的37°C来自论文方法;示例自身未标记温度、通道、条件或µm标定。页面保留论文reporter信息,同时注明示例通道未知。
Sanaki-Matsumiya与Miao放在单独的「视频色阶近似」组。两者不是原始荧光强度:从伪彩视频近似反演LUT索引,剔除高色差像素,可能选择性丢掉亮部。Miao只取50.500–63.913h早段,不能完全排除MESP2混色。仅作定性参考,不用于拟合幅值、细胞周期或传播速度。
共同视图采用0–10h;原有局部距离图用0–400µm。未标定的行/视频像素与以图像中心为零的坐标保留自身范围,不冒充共同解剖轴。完整视图保留各自全部时间与空间范围。Miao比较图的0h对应分化50.5h。Rohde原始300列保留,PSM4实测在0.25–5.50h;灰色边缘不是组织前沿。
卡片保留温度、reporter与来源;未核实温度直接写「未注明」。点击「单图与方法」查看细节,「ROI核查」查看真实取样位置;下载合图PDF按组分页,另有SVG/PNG。
从数值数据重绘
Chhabra 2026新增「强度重绘 / 相位重绘 / 论文原图」切换。橙红色强度使用完整数值范围,phase用−π至π周期色标。保留整个279×119矩阵、10min和1.38µm标定,未额外平滑、裁剪或归一化。phase全图未加低信号质量掩码,不宜直接解释背景相位。
页面可下载SVG、PDF、PNG。两图合版见 强度与相位;完整图注和源数据hash保留在处理记录中。
数据选择顺序:可核实的数值矩阵 → 可核实的原始成像序列 → 经配准/取ROI的视频 → 论文截图仅作定性参考。静态固定胚胎图不能组成真实时间序列。不同论文可统一版式,但reporter幅值不能直接共用浓度尺度。
Kymographs
首页提供7篇重绘;单图图库同时保留论文原图与Jiang2000固定样本参考。选择文献切换,点「放大原图」查看完整面板。每幅图标注坐标、reporter和适合比较的现象;图像从论文原始来源加载,需要联网。
Lauschke2013 Fig4a与poster中的实验图一致;同一整图的4c/d为原论文模拟,已明确区分。Fig1c/f另提供基础波形;相关源视频本轮已完整解码。论文图不等于原始栈或强度矩阵,不能直接当作模型训练数据。Jiang固定样本不能生成实测时间kymograph。新的kymograph字段随JSON/CSV导出。
一次 PI 讨论的操作
- 用顶部筛选器或搜索定位文献。
- 点击卡片标题,查看「概览 / 图像 / 数据 / 证据 / 笔记」。卡片使用主题短标题;详情保留完整论文标题。方法、标定和核查记录按需展开。
- 勾选2–3篇,点击底部“比较 →”。在比较中可再打开完整证据。第四篇会被阻止加入。
- 在详情「笔记」页选择决定、写讨论记录,保存在本浏览器localStorage。顶部「导出」菜单提供JSON和CSV。JSON包含当前筛选文献与笔记;CSV每篇一行,嵌套字段使用JSON字符串。
- 导出按当前筛选结果,不等于只导出“已选比较”的条目。要导出全库,先点“重置”。
浏览器笔记不会改写磁盘清单,也不会上传。不同浏览器和网址之间互不共享笔记;本地版笔记不会自动转移到网站。请用JSON导出备份;暂不提供导入笔记功能。
数据与处理记录
每篇的数据与证据页保留原始来源、可下载数值样本和处理记录。绘图输入SHA256、实际轴范围与转换见 比较图元数据。完整源视频请从论文链接取得。Miao包内矩阵保留绝对时间,比较图减去50.5h。
参考、数据与方法
研究 Poster ↗ · 文献清单 JSON · CSV
已核文件不等于原始数据;响应头成功不等于已读取内容。完整核查记录见每篇的数据和证据。
增加一篇论文
复制JSON中一条相似记录,修改唯一id、metadata、字段、sources和assets。证据source id在每篇内唯一;field_evidence里的ID必须指向sources。未知字段写明“未知”,数值尺寸用null,不能用0代替缺失。不要通过提高availability_status掩盖尚未打开的文件。
assets.level支持figure / movie / matrix / raw / document / annotation / contact / code;status为verified_content(文件已读)、verified_headers(仅响应头)、verified_article(仅正文)、listed、restricted、format_mismatch、unknown、contact、not_applicable或dead。只有收到明确404/410等证据才能写dead;CAPTCHA/403属于restricted。
新原图必须保留来源图号和许可署名。论文原图由应用按需加载;本地重绘及ROI核查图随文件夹提供。不得把review示意图、模拟图或视频封面当作实验数据。
研究结论与最小试验
先看 Chhabra 2026:已有公开处理后数值kymograph,已下载并解码27°C样本强度/相位各1份,279空间点×119时间点。10min与1.38µm依据Methods及data_settings。数据页可下载已核TIFF;完整记录在 validation.json。Sonnen 2018已从官方MovieS2提取定性矩阵;Delaune 2012仍需取得可复用数据。
最低试验是一个对照样本 → 校验时间/空间/通道 → 处理并导出I(t,p) → 重画实验kymograph → 与现有模拟并排对照。荧光reporter有成熟/降解/曝光响应,组织移动需配准。先比较波向、周期和相位梯度;reward、拟合和训练另议。
详见「试验计划」。已读取作者矩阵、连续细胞强度轨迹及视频。Rohde原始大型H5未下载;当前没有从原始全组织成像栈生成的密集kymograph。公开有图、附件名称包含Data、仓库标签Dataset,都不自动满足该条件。
范围与限制
核对日期2026-11-09。Jiang全文受限;其他正文或公开方法已核。多个PMC/出版社附件返回挑战页或403,已分别保留访问状态,不绕过验证。原始数据可能存在于本次搜索范围之外。
两条待筛选链接均已核查:Ilagan 2011属Notch蛋白互作reporter方法,不是体节kymograph;bioRxiv是Chhabra等人的medaka温度研究,已于2026-10-08发表在PNAS。保留原预印本DOI及正式版来源。完整poster PDF未读取;图对照依据用户提供的poster截图。曾只读核对DLX模型绘图默认Blues;实际模拟数组尚未接入。thesis、提交文件和训练结果未改动,也未部署网站或联系作者。
验证截图与逐项结果见同级 ../verification/。